Il faut vous renseigner auprès de l'inspecteur du travail. Normalement l'employeur n'a pas à se baser sur la reconnaissance ou non de la maladie professionnelle par la Sécurité sociale.

Non il n'est pas nécessaire de restituer le trop perçu, dès l'instant que l'employeur est informé de l'existence d'une demande de reconnaissance en maladie professionnelle, il doit doubler les indemnités de licenciement, peu importe que la maladie ne soit pas reconnue...
Il faut lui donner les références de cette jurisprudence n° 09-42703
https://www.legifrance.gouv.fr/affichJuriJudi.do?oldAction=rechJuriJudi&idTexte=JURITEXT000023169530&fastReqId=1413168442&fastPos=1

Extrait de cette jurisprudence :
« Mais attendu que les règles protectrices applicables aux victimes d’un accident du travail ou d’une maladie professionnelle s’appliquent dès lors que l’inaptitude du salarié, quel que soit le moment où elle est constatée ou invoquée, a, au moins partiellement, pour origine cet accident ou cette maladie et que l’employeur avait connaissance de cette origine professionnelle au moment du licenciement ; que l’application de l’article L. 1226-10 du code du travail n’est pas subordonnée à la reconnaissance par la caisse primaire d’assurance maladie du lien de causalité entre l’accident du travail et l’inaptitude ;

Par conséquent quand l’employeur a connaissance que la pathologie qui a conduit à l’inaptitude est en lien avec la travail, il doit licencier dans le cadre d’une pathologie d’origine professionnelle et même si la Caisse de Sécurité sociale a refusé de reconnaître la pathologie au titre des maladies professionnelles.