La reconnaissance de travailleur handicapé est sans incidence sur le contrat de travail.
Dans le cadre d'un CDD, jusqu'à récemment, même si le médecin du travail vous déclarait inapte à votre poste et qu'il n'existait pas de possiblité de reclassement, votre employeur n'était pas autorisé à rompre votre contrat de travail. C'était seulement dans le cas où l'inaptitude faisait suite à un accident du travail ou une maladie professionnelle qu'il pouvait demander une résolution judiciaire de votre contrat de travail.

La loi de simplification et d'amélioration du droit du 19 mai 2011, dans son article 49 apporte de nouvelles dispositions pour rompre un CDD dans le cadre d'une inaptitude pour raison médicale.

Il est également possible de solliciter le Sameth qui peut accélérer la demande de reconnaissance de travailleur handicapé et étudier un éventuel aménagement du poste de travail ( financement d'une réduction du temps de travail, intervention d'un auxiliaire professionnel, etc)

Un CDD ne peut effectivement pas faire l'objet d'une rupture négociée entre le salarié et l'employeur.
La rupture négociée du contrat de travail :

Effectivement dans le cadre d'une inaptitude d'origine non professionnelle, jusqu'à récemment ( mai 2011) l'employeur n'était  pas autorisé à rompre le contrat, même s'il n'avait  pas de reclassement à proposer. Mais les la loi de "simplification et d'amélioration du droit " du 19 mai 2011 permet maintenant de faire cette procédure, même si le salarié est en CDD.

Le tableau n°98 des maladies professionnelles indemnise les affections chroniques du rachis lombaire dans la mesure où les critères du tableau sont remplis : sciatique par hernie discale, chez un salarié qui effectue des travaux de manutention manuelle habituelle de charges lourdes, par exemple dans le cadre des soins médicaux et paramédicaux incluant la manutention de personnes.
Le tableau n°57 indemnise le syndrome du canal carpien dans la mesure où les critères du tableau sont remplis.